Bactrak 服务器使用教程¶
适用平台：Linux/macOS/Windows (通过 SSH)
服务器地址：请联系管理员获取
前置条件：已完成图像预处理，生成多帧 TIFF 文件
本教程指导如何使用 Bactrak 服务器进行细菌运动轨迹追踪分析。
1. 系统简介¶
BacTrack 是一个基于网页的细菌追踪分析系统。您可以通过上传 .tif 或 .tiff 格式的显微镜图像文件，系统会使用集成的 Bactrack 自动完成细胞检测与轨迹追踪，并生成可视化的分析结果及可供下载的数据报告。
2. 网页界面操作详解¶
当您访问主页 (http://10.102.34.224:8000/) 时，您将看到一个简洁的操作界面。请按照以下步骤进行操作：
2.1 上传文件¶
- 找到上传区域
在页面上方的 “Upload Your Files” 卡片中，您会看到一个虚线框组成的上传区域。 - 选择文件
- 拖拽文件：直接将一个或多个
.tif/.tiff文件从本地拖拽到该区域。 - 点击选择：点击上传区域，弹出文件选择窗口，选择待分析的文件。
- 文件要求
- 格式：仅接受
.tif/.tiff。 - 大小：单文件不超过 3 GB。
- 文件列表
上传成功后，下方会显示文件列表（文件名与大小）。
2.2 命名分析项目¶
在文件列表下方，有一个 “Project Name” 输入框。请为本次分析任务输入易于识别的名称，例如 实验组A-20250703。
2.3 开始分析¶
当已选择文件并填写项目名称后，“Start Analysis” 按钮将变为可点击。点击后即可提交任务。
3. 追踪分析进度¶
任务提交后，页面下方会出现 “Your Tasks” 区域，列出您提交的所有任务，并实时显示状态：
| 状态 | 说明 |
|---|---|
Queued |
任务排队，等待计算资源 |
Processing |
任务执行中，显示百分比进度条 |
Completed |
任务已成功完成 |
Failed |
任务处理失败 |
提示：任务列表状态自动刷新，无需手动刷新页面。
4. 查看和下载结果¶
当任务状态变为 Completed 后，可查看与下载结果。
4.1 访问结果页面¶
- 点击任务卡片中的 “View Results” 按钮；或
- 直接访问任务提交后生成的永久链接：
http://10.102.34.224:8000/?task=<任务ID>
4.2 结果页面内容¶
- 结果预览：显示
*_all_tracks_composite.png轨迹总览图。 - 下载区域：
- Track Visualization (PNG)：轨迹总览图。
- Track Animation (TIF)：随时间变化的轨迹与尾迹效果。
- Spot Data (CSV)：检测到的点（Spots）详细信息。
4.3 核心数据文件 _Spots.csv 列说明¶
| 列名 | 含义 |
|---|---|
TrackingID |
轨迹唯一标识 |
X pos(pix) |
每帧 X 轴像素坐标 |
Y pos(pix) |
每帧 Y 轴像素坐标 |
Frame |
帧编号（时间点） |
Circularity |
细胞圆度（形状参数） |
5. 重要提示¶
- 数据隐私：系统使用 Session ID 隔离不同用户的数据，同一浏览器会话内的任务会归档在一起。
- 数据有效期：分析结果及源文件仅保留 24 小时，请及时下载保存。
文档版本：2025‑07‑04
如有疑问，请联系系统管理员。