GROMACS GPU 版安装指南（Linux 系统）¶

适用范围
本教程以 Ubuntu 20.04 / 22.04 + CUDA 12 为例，介绍在 GPU 服务器上从源码编译最新稳定版 GROMACS（默认 2025.1 版）的方法。请根据硬件与系统版本灵活调整命令。
截至 2025-07-02，GROMACS 最新稳定版为 2025.1.

1 前置检查¶

确认显卡与驱动是否就绪

nvidia-smi

输出应能正确识别 GPU 型号与驱动版本。

核对操作系统依赖

# 更新系统索引
sudo apt update
# 核心工具链与常用库
sudo apt install build-essential gcc g++ cmake git \
     make ninja-build pkg-config \
     libopenmpi-dev mpi-default-bin \
     zlib1g-dev libbz2-dev liblzma-dev libxml2-dev \
     libboost-all-dev

CMake 版本要求
GROMACS 2025 需要 CMake ≥ 3.28 (Ubuntu 22.04 自带 3.25，可通过 snap install cmake --classic 或源码安装升级)。

2 安装 CUDA Toolkit¶

前往 NVIDIA CUDA Toolkit Archive 下载与你显卡兼容的 Runfile 或 .deb (local) 安装包，本文示例版本为 CUDA 12.3。
按官方步骤完成安装后，编辑用户环境变量：

nano ~/.bashrc

在文件末尾追加（请按实际 CUDA 版本修改路径）：

# >>> CUDA >>>
export PATH=/usr/local/cuda-12.3/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-12.3/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
# <<< CUDA <<<

使配置立即生效并验证：

source ~/.bashrc
nvcc -V          # 查看 nvcc 版本

3 获取并编译 GROMACS（GPU 支持）¶

建议：在 $HOME/app 或 /opt 这类统一目录下管理源码与安装文件夹，便于升级和维护。

# 1. 下载源码
wget https://ftp.gromacs.org/gromacs/gromacs-2025.1.tar.gz
tar -xf gromacs-2025.1.tar.gz
cd gromacs-2025.1

# 2. 创建构建目录
mkdir build && cd build

# 3. 配置 CMake
cmake .. \
  -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \       # 自动编译 FFTW3
  -DGMX_GPU=CUDA \                # 启用 CUDA 加速
  -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-12.3 \
  -DGMX_CUDA_TARGET_SM=90 \       # 根据显卡架构修改 (A100/H100=80/90，RTX40=89/90)
  -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON \  # 同步官方回归测试
  -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=$HOME/app/gromacs-2025.1

# 4. 编译与测试（-j 后接 CPU 线程数）
make -j$(nproc) &&
make check

# 5. 安装
sudo make install

4 配置环境变量¶

安装完成后，将可执行文件加入 PATH，并启用补全脚本：

echo 'source $HOME/app/gromacs-2025.1/bin/GMXRC' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

5 验证安装¶

gmx --version

期望输出包含：

GROMACS version:    2025.1
CUDA support:       enabled (GPU vendor NVIDIA)

6 常见问题与提示¶

现象	可能原因	处理办法
`nvcc fatal: Unsupported gpu architecture 'compute_XX'`	`-DGMX_CUDA_TARGET_SM` 与显卡架构不匹配	参考 `nvidia-smi`, 将 `SM_xx` 改为实际 GPU 代号（如 86, 89, 90）
编译报 “CMake >= 3.28 required”	CMake 版本过旧	`snap install cmake --classic` 或源码升级
运行报 “Incompatible CUDA driver”	驱动 < CUDA Toolkit 所需最低版本	更新 NVIDIA 驱动或降级 CUDA

7 升级与卸载¶

升级：在新版本发布后（例如 2025.2）重复第 3 步骤编译安装，并更新 GMXRC 路径即可。
卸载：删除安装目录并移除 ~/.bashrc 中对应行。

图片占位说明
上文所有  注释处请替换为实际截图路径，例如：
/wikis/assets/nvidia-smi.png
/wikis/assets/nvcc-version.png
方便 MkDocs 在构建静态站点时正确引用。

作者：课题组维护团队
最后更新：2025-07-02